Inaugurado em 2004, a partir da coleção particular do Diretor Curador Emanoel Araujo, o Museu Afro Brasil construiu, ao longo de 10 anos, uma trajetória de contribuições decisivas para a valorização do universo cultural brasileiro ao revelar a inventividade e ousadia de artistas brasileiros e internacionais, desde o século XVIII até a contemporaneidade.

Araujo já tentara frustradamente viabilizar a criação de uma instituição voltada ao estudo das contribuições africanas à cultura nacional quando, em 2004, apresentou uma proposta museológica à então prefeita de São Paulo, Marta Suplicy. Encampada a ideia pelo poder público municipal, iniciou-se o projeto de implementação do Museu. Foram utilizados recursos advindos da Petrobrás e do Ministério da Cultura através da Lei Rouanet.

Desde 2009, o Museu Afro Brasil, é uma instituição pública, vinculada à Secretaria de Estado da Cultura de São Paulo, que administrado pela Associação Museu Afro Brasil – Organização Social de Cultura, é subordinado ao Governo do Estado de São Paulo.