Inaugurado en 2004, a partir de la colección particular del Director Curador Emanoel Araujo, el Museo Afro Brasil construyó, a lo largo de 10 años, una trayectoria de contribuciones decisivas para la valorización del universo cultural brasileño al revelar la inventiva y osadía de artistas brasileños e internacionales, desde el siglo XVIII hasta la contemporaneidad.

Araujo ya había intentado sin éxito viabilizar la creación de una institución volcada al estudio de las contribuciones africanas a la cultura nacional cuando, en 2004, presentó una propuesta museológica a la entonces alcaldesa de São Paulo, Marta Suplicy. Acogida la idea por el poder público municipal, se inició el proyecto de implementación del Museo. Fueron utilizados recursos procedentes de la Petrobrás y del Ministerio de la Cultura a través de la Ley Rouanet.

Desde 2009, el Museo Afro Brasil, es una institución pública, administrado por la Asociación Museo Afro Brasil – Organización Social de Cultura.